Historia zawiązywania się wspólnoty parafialnej w Nowych Załubicach sięga 1969 roku. Wtedy to ówczesny wikariusz radzymiński – ks. Zbigniew Rogatko – rozpoczął odprawianie Mszy Świętych w domu państwa Wronów w Starych Załubicach. O całej sytuacji dowiedziała się milicja, która zakazała organizowania tego typu zgromadzeń. Zostały one jednak wznowione jeszcze w tym samym roku, lecz już przez kolejnego wikariusza parafii radzymińskiej – ks. Stanisława Laskowskiego. Zmieniło się również miejsce nabożeństw na starą pieczarkarnię państwa Kurków.
Było to jednak rozwiązanie przejściowe – okolicznym mieszkańcom już dawno zależało na zbudowaniu na ich ziemi kościoła. Za cel został obrana górka w lesie, niedaleko miejsca, gdzie znajdowała się figura Matki Bożej z niewielką kapliczką będącą wotum wdzięczności za szczęśliwy powrót synów z wojny. W 1970 roku właśnie tam postanowiono kaplicę tymczasową, która stała się prezbiterium całego kościoła. Dokładnie 1 września 1971 roku został tam umieszczony Najświętszy Sakrament.
Wraz z początkiem 1972 roku ustanowiony został ośrodek duszpasterski. Po kilku miesiącach, czyli 22 maja, ks. Stanisław Laskowski rozpoczął budowę świątyni, do której projekt stworzył architekt Arkadiusz Ławrow. Od samego początku we wszystko włączyli się mieszkańcy. Dzięki ich wsparciu finansowemu i ciężkiej pracy możliwe było postawienie kościoła. Nie była to jednak prosta droga – za swoją działalność bywali oni wielokrotnie wzywani na przesłuchania, a nawet obkładani karami finansowymi.
Dnia 1 maja 1974 kard. Stefan Wyszyński poświęcił kościół, a już dwa lata później erygował parafię, która przyjęła patronat św. Stanisława Biskupa i Męczennika. Jej proboszczem został ks. Laskowski.
W 1981 roku do Nowych Załubic przybył ks. Jan Wolski, który zastąpił ks. Stanisława i kontynuował sprawowanie opieki nad 
parafią. Jego posługa proboszczowska trwała 4 lata. Po tym czasie kolejnym gospodarzem wspólnoty został ks. Ludwik Antolak.
Z jego inicjatywy powstała drewniana Droga Krzyżowa wraz ze znajdującą się pod niosą koroną cierniową. Odrestaurowano również krzyż wraz figurami znajdującymi się przy ołtarzu. Również dzięki staraniom ks. Ludwika doszło do powiększenia świątyni o 150m2.
W 1994 roku parafia została przekazana ks. Edwardowi Kowarze. Dzięki niemu chór znajdujący się w obecnym miejscu zyskał balustradę, a na dziedzińcu kościoła położona została kostka brukowa. Ks. Edward wyszedł z inicjatywą położenia posadzki kościelnej. To stało się jednak już za posługi kolejnego gospodarza parafii – ks. Gerarda Jareckiego (1997 rok). Dzięki niemu kościół zyskał ławki boczne na tyłach świątyni, a wierni do dzisiaj mogą podziwiać dwie płaskorzeźby jego autorstwa. Przedstawiają one postać Matki Bożej i Jezusa Chrystusa.
Następcą ks. Jareckiego został w 2002 roku ks. Feliks Chudzik sprawujący swoją posługę w parafii przez niemal 15 lat. W tym czasie ocieplono zarówno kościół, jak i plebanię, wymienione żyrandole oraz kinkiety, pojawiły się również witraże zainstalowane po obydwu stronach świątyni oraz nad jej prezbiterium (2003). Ponadto ks. Feliks zakupił teren przeznaczony na rozbudowę parafialnego cmentarza zadbał o założenie nagłośnienia kościelnego, a parafian do kościoła zaczęły przywoływać dźwięki kurantów oraz dzwonów z zamontowanym elektrycznym mechanizmem. W 2016 roku wstawiono łącznie troje nowych drzwi – dwoje bocznych oraz jedne przy zakrystii świątyni.
Od 19 lutego 2017 roku gospodarzem parafii w Nowych Załubicach jest ks. Wojciech Stępień.
Źródło: informacje własne, diecezja.waw.pl